Der Agent ist der Avatar des Spielers. Er oder sie führt die Helden in den Kampf als Teil eines S.H.I.E.L.D.-Teams. Jeder Kampf gewährt Erfahrungspunkte, mit denen man Stufen aufsteigt. Jede Stufe erhöht die Werte des Agenten und schaltet weitere Forschungen frei. Zudem bekommt der Spieler jede Stufe 1 
.
Der Agent beginnt das Spiel als Generalist. Klassen können durch das Anlegen von erforschten oder gekauften Uniformen gewechselt werden. Diese haben verschiedene Werte und Boni.
Anfangswerte eines Stufe 1 Agenten[]
| Gesundheit | 100 |
|---|---|
| Ausdauer | 100 |
| Angriff | 20 |
| Verteidigung | 20 |
| Präzision | 20 |
| Ausweichen | 20 |
Ausrüstungsslots des Agenten[]
| Slot | Stufe des Agenten | Vorzeitiges Freischalten |
|---|---|---|
| 1. | 1 | sofort |
| 2. | 2 | ??
|
| 3. | 20 | 128
|
| 4. | 60 | 256
|
| 5. | 60 | 64
|